Desde el punto de vista fiscal, ambas facturas tienen los mismos efectos y alcances, sin embargo, las facturas electrónicas cuentan con elementos de seguridad superiores a las tradicionales. Otra diferencia importante es la versatilidad, ya que a diferencia de las facturas en papel, las facturas electrónicas son creadas, enviadas y almacenadas por medios electrónicos y se pueden imprimir en caso de que así se requiera.